Comment le CHU de Bordeaux utilise son entrepôt de données de santé pour surveiller l'épidémie de Covid-19

 Le CHU de Bordeaux utilise son entrepôt de données de santé (EDS) pour construire des indicateurs de suivi de l'épidémie de Covid-19, a expliqué son chef du service d'information médicale, le Pr Rodolphe Thiébaut.

"L'objectif est de repérer une deuxième vague ou une reprise de l'épidémie à partir des données du CHU, mais aussi de surveiller la charge hospitalière voire de l'anticiper. L'intérêt de l'EDS est de regrouper des données qui ne sont pas toujours concordantes" et de les analyser, a-t-il ajouté.

Sont surveillés le nombre de patients suspectés ou diagnostiqués Covid+, les résultats de tests PCR, mais aussi les syndromes grippaux ou encore les appels pour dyspnée, a-t-il détaillé.

 

Une équipe de chercheurs de l'université de Bordeaux, l'Inserm et l'Inria apporte son concours pour la construction de modélisations et d'indicateurs complexes, comme le taux de reproduction R0 du coronavirus.

Un "tableau de bord", permettant de visualiser ces indicateurs sous la forme d'une courbe lissée sur 7 jours, est utilisé toutes les semaines lors des réunions de suivi de l'épidémie.

 

Les données utilisées sont issues des dossiers et comptes rendus d'hospitalisation, des passages aux urgences et des appels au Samu 33. Elles sont mises à jour quotidiennement.

Les comptes rendus médicaux et de passages aux urgences sont exploités grâce à la reconnaissance automatique de la langue, une technologie informatique d'analyse du texte, "qui permet d'analyser le texte libre et pas seulement les textes structurés ou les réponses aux questionnaires Covid", et ainsi repérer des symptômes.

 

Rodolphe Thiébaut souhaite étendre ce projet à toute la région Nouvelle-Aquitaine, en partenariat avec les CHU de Poitiers et Limoges, et "intégrer des données produites hors CHU: médecins libéraux, maisons de santé, établissements d'hébergement pour personnes âgées dépendantes (Ehpad)…"

Son objectif, "ambitieux mais faisable", est d'y parvenir "à l'automne".

 

A terme, ces données "permettraient de faire des prédictions d'une à deux semaines de précocité maximum, ce qui est déjà très important pour l'organisation des services", a-t-il ajouté.

L'entrepôt opérationnel depuis 2020

L'EDS du CHU de Bordeaux est "techniquement opérationnel depuis cette année" et a reçu l'autorisation de la Commission nationale de l'informatique et des libertés (Cnil), a par ailleurs rapporté le Pr Thiébaut.

"Le flux de données quotidien et les outils d'interrogation sont en place. Cependant, il n'est pas ouvert à tous les usages car nous travaillons à la mise en place d'une gouvernance et la mise en conformité réglementaire avec le délégué à la protection des données (DPO)", a-t-il complété.

 

L'EDS comprend "l'ensemble des données des patients venus au moins une fois depuis 2010", soit "2 millions de patients, 13 millions de venues et 1,5 milliard d'observations", soit 2 téraoctets de données.

Cela correspond "aux dossiers patients informatisés (DPI), aux documents de type courriers ou comptes rendus d'imagerie, au PMSI, aux données de biologie, bactérologie et virologie, celles du centre de ressources biologiques (CRB) cancer, de prescription et d'administration, y compris les chimiothérapies et molécules onéreuses".

 

Le projet a été entièrement financé par le CHU, qui en est aussi l'hébergeur.

Il n'a pas fait appel à des prestataires afin de "maîtriser la chaîne de traitement et les données pour éviter les 'boîtes noires', et pouvoir afficher les travaux qui seront menés en toute transparence vis-à-vis des usagers et des professionnels de santé".

 

Une charte de gouvernance des données, qui doit notamment régir les relations avec les industriels, devait être publiée au premier semestre mais a pris du retard à cause de l'épidémie. Elle sera publiée d'ici à la fin de l'année.

Le CHU prévoit d'ouvrir progressivement l'EDS à des projets de professionnels de l'établissement et des chercheurs en 2021, une fois la conformité réglementaire validée au début de l'année.

 

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